2008 berichteten zwei Frauen von Missbrauch in der St. Johannes-Gemeinschaft. Ein Mitglied der Johannesgemeinschaft aus Marchegg wurde 2010 zu sechs Monaten bedingter Haft verurteilt. 2013 tauchten Missbrauchsvorwürfe gegen den Gründer der Johannes-Gemeinschaft, Pater Philipp, auf. 2016 wurde ein Bruder zu acht Jahren Haft wegen Vergewaltigung und Missbrauch verurteilt.
2015 wurde ein Bruder der Johannesgemeinschaft zu acht Jahren Haft wegen Vergewaltigung und Missbrauch verurteilt.
16.5.2019 Der französische Orden der „Brüder vom Heiligen Johannes“, der 1986 kirchenrechtlich anerkannt wurde, distanziert sich zum Teil vom Ordensgründer Marie-Dominique Philippe. Ihm wird sexueller Missbrauch mehrerer Ordensfrauen über Jahre hinweg vorgeworfen. Außerdem hat er Geistliche ausgebildet und dabei vermittelt, dass eine innige Freundschaft auch Liebesgefühle impliziere. Der Generalprior Francois-Xavier Cazali sagte, die Einflusslinien, die zu sexuellem Missbrauch führten, gingen auf Philippe zurück. Daher könne er nicht als Vorbild gelten. Sein Platz in der Ordensgemeinschaft werde noch diskutiert. – Gegen mehrere Brüder der Gemeinschaft wurden zivile Strafverfahren angestrengt. Zudem laufen etliche kanonische Verfahren in Rom. Es gibt 32 Beschwerden zu Taten an Erwachsenen. 80 % der Taten fanden im Rahmen geistlicher Begleitung statt. Dem Orden wurde auch vorgeworfen, moralischen Druck auf Mitglieder ausgeübt zu haben und z.B. den Mitgliedern den Kontakt zu ihren Eltern verboten zu haben.
6.11.2019 Die Brüder vom Heiligen Johannes haben sich von ihrem Gründer Pater Marie-Dominique Philippe distanziert. Sie könnten ihn nicht mehr „als einen Lehrmeister für das spirituelle Leben anerkennen“. In der Arte-Dokumentation „Gottes missbrauchte Dienerinnen“ wurden Vorwürfe gegen den Ordensgründer und seinen Bruder öffentlich. Pater Thomas Philippe war seit 1956 verboten, sein Amt als Priester auszuüben. 1957 wurde Pater Marie-Dominique bestraft. Beide Brüder hielten sich nicht an ihre Strafe. Weitere Sanktionen von Seiten des Vatikans blieben aus – die Gründe sind ungeklärt.
Eine Untersuchung machte fast weitere 30 Brüder ausfindig, die das Missbrauchssystem der Brüder Philippe für eigene Taten reproduziert hatten. Das Generalkapitel befand, dass die Fälle nicht eine „vorübergehende Schwäche“ seien, sondern ein „seit der Gründung der Gemeinschaft eingerichtetes Missbrauchssystem“. Die Lehre Philippes werde nun eingehend geprüft. Eine interdisziplinäre Kommission solle die Missbrauchsfälle vollständig aufklären.
16.6.2021 Die vatikanische Glaubenskongregation hat Marie-Dominique Gouttierre, ein führendes Mitglied der Johanneskongregation, wegen mehrfachen sexuellen Missbrauchs dauerhaft aus dem Priesteramt ausgeschlossen. Auch die Gemeinde selbst hat ihn aus der Versammlung ausgeschlossen. Gouttierre galt als der „geistige Sohn“ des Gründers Marie-Dominique Philippe. Goutrierre wurde vorgeworfen, mehrere Brüder und Schwestern der ebenfalls in den Niederlanden tätigen Johanniterfamilie sexuell missbraucht zu haben. Er wurde auch beschuldigt, eine Frau, die er spirituell leitete, sexuell missbraucht zu haben. Marie-Dominique Goutierre lebte in der Walliser Abtei St-Maurice. Dort hatte er weiterhin Kontakt zu vier ehemaligen Mitgliedern der Gemeinschaft. Der Kontakt verstieß gegen die Auflagen.